Un po' di kultura per Mario Capanna che "la MAS è l'ultima frontiera"

A continuare a parlare di cose che non si conoscono
si finisce a sparar cazzate.

Certo molti di voi ricorderanno del subdolo tentativo di far passare i proclami MASmediatici della Fondazione Diritti Genetici (FDG) di Mario Capanna attraverso la manipolazione di Wikipedia.

E' però arrivato il momento di dar loro una lezione, di scienza si intende.

In particolare prenderemo a prestito questo "paper" (articolo scientifico, per i non del settore) uscito qualche mese fa su Nature Genetics. Diciamo non proprio l'ultimo giornaletto scientifico del paese.


Lo studio

Genome-wide association studies of 14 agronomic traits in rice landraces

Xuehui Huang, Xinghua Wei, Tao Sang, Qiang Zhao, Qi Feng, Yan Zhao, Canyang Li, Chuanrang Zhu, Tingting Lu, Zhiwu Zhang, Meng Li, Danlin Fan, Yunli Guo, Ahong Wang, Lu Wang, Liuwei Deng, Wenjun Li, Yiqi Lu, Qijun Weng, Kunyan Liu, Tao Huang, Taoying Zhou, Yufeng Jing, Wei Li, Zhang Lin et al.

Nature Genetics 42, 961–967 (2010)

Bene, cos'hanno fatto i cinesini? Niente di che. Si sono infatti limitati a

1) selezionare nelle diverse banche del germoplasma 517 varietà locali di riso in grado di rappresentare circa l'80% dell'intera biodiversità mondiale per questa specie.

2) caratterizzarle per 14 caratteri di interesse agronomico (in gergo: fenotipizzarle).

3) sequenziare il genoma di tutte queste varietà locali(1).

4) identificare le differenze genomiche tra di esse a livello di singola base di DNA(2) (in gergo: genotipizzazione) raccogliendo qualcosa come 3,6 milioni di piccole diversità genetiche(3)

5) collegare i dati fenotici raccolti nel punto 2 con i dati genotipici del punto 4

Il risultato di un Whole Genome Scan(4) è più o meno così. Nei diversi colori ci sono
gli SNP sui diversi cromosomi. Se uno SNP supera nell'analisi la soglia del 3,5 - 4
si definisce come "associato" (quindi di fatto almeno in parte responsabile) al
carattere fenotipico che stiamo indagando.

Il risultato?
Hanno "solo" collegato a specifiche aree del genoma il 36% dell'intera variabilità visibile per quei 14 caratteri a livello globale sul riso. In media. Per alcuni di essi si è arrivati a collegare a specifiche aree del genoma anche il 70% dell'intera variabilità fenotipica.

Ma a noi la Genomica mica ci interessa. Noi abbiamo la MAS... vero Mario?

Parlare di cose che si conoscono mai?


Note a margine


(1) Sì, siamo nell'era della genomica perchè oggi si possono sequenziare con facilità i genomi. Questo lo diciamo a beneficio di quelli che la MAS è il meglio. La cosa interessante di questo paper è che ogni varietà l'hanno sequenziata una volta sola, a differenza di quanto avviene per "i genomi" tradizionali dove la lettura dello stesso individuo viene fatta diverse decine di volte. Alla fine però si sono trovati un genoma "virtuale" del riso letto 508 volte. Non male. Da studiare. Questa sì che è frontiera.

(2) vengono chiamati SNP (si leggono SNiP) per saperne di più guardate qui.

(3) ma c'è qualcuno che sia ancora il futuro farsi un mazzo tanto a fare mappe molecolari con AFLP, SSR...

(4) il Whole Genome Scan ha dimostrato di essere molto meglio delle mappe molecolari (della MAS per capirci) già nel 2004. Ma Capanna e quelli della FDG erano troppo impegnati a seguire le varie NGO anti-OGM per accorgersene.